本发明公开了端氨基硅油改性的端氨基超支化聚酰胺树脂及其制备方法与应用，该方法由以下步骤组成：将二元酸和三聚氰胺混合均匀后加热至７０～９０℃，加入端氨基硅油和二甲苯；在１８０～２１０℃下加热１～３ｈ后，升温至２２０～２４０℃，加热１～３ｈ后；降温至９０℃，有机溶剂，有机硅低聚物和交联催化剂；加热至１１０～１２０℃，加热２～３ｈ；降温至９０℃，最后加入有机溶剂调整固含量为６０～７０％。该方法将在合成端氨基超支化聚酰胺时加入端氨基硅油，提高聚酰胺的耐热性能和柔韧性；将有机硅低聚物和聚酰胺进行交联反应，提高聚酰胺的耐热性能。本发明所述方法制备的树脂可以用于制备耐高温低表面能涂料。