本发明提供了一种知识辅助迁移学习的乳腺癌分子亚型识别方法及系统，该方法通过采用基于ImageNet预训练的Resnet50作为初始病灶分类器，并对其全连接层进行设置，得到目标病灶分类器；对数据集进行ROI采样和数据增强处理，得到若干目标采样块，并将目标采样块和对应的图像标签输入目标病灶分类器中训练；将目标病灶分类器的全局平均池化层和全连接层去除，随后添加顶部网络，得到整图分类器，再将处理后的影像整图输入整图分类器中，以进行预训练；采用乳腺癌分子亚型数据集输入到预训练后的整图分类器，进行迁移学习，得到目标整图分类器，最后将待诊断影像输入目标整图分类器中，输出softmax计算后置信度最高的图像级标签，以实现乳腺癌分子亚型识别。